进京施工备案的合法性保障主要体现在以下几个方面：

遵守法律法规： 进京施工备案程序是依据相关法律法规和政策规定的，施工单位在备案过程中必须严格遵守法律法规的规定，如《中华人民共和国建筑法》、《北京市建设工程施工现场管理规定》等，以确保施工活动的合法性。

证明施工资格： 通过进京施工备案，施工单位需要提交相关资料并接受审查，证明其具备进行施工活动的合法资格。获得备案证明后，施工单位才能在北京地区进行施工，合法性得到保障。

规范施工行为： 进京施工备案要求施工单位提交详细的施工计划、安全管理措施等资料，并接受主管部门的审查和监督。这有助于规范施工单位的行为，确保施工活动符合法律法规和标准要求。

提高管理效率： 对施工单位进行备案审查和监督，有助于提高施工活动的管理效率和规范程度。通过统一的备案程序，能够有效管理和监督施工单位的行为，维护建筑市场秩序。

减少违法违规行为： 通过备案程序，能够及时发现和纠正违法违规的施工行为，减少施工过程中可能出现的安全事故、质量问题等，保障施工活动的合法性和安全性。